26 Ağustos Cuma günü askerlerini toplayan Alparslan atından inerek secdeye vardı ve;
 “Ya Rabbi! Seni kendime vekil yapıyor; azametin karşısında yüzümü yere sürüyor ve senin uğrunda savaşıyorum. Ya Rabbi! Niyetim halistir; bana yardım et; sözlerimde hilaf varsa beni kahret!” diye dua etti.
 Sonra atına binerek askerlerine döndü ve; “Ey askerlerim! Eğer şehid olursam bu beyaz elbise kefenim olsun. O zaman ruhum göklere çıkacaktır. Benden sonra Melikşah’ı tahta çıkarınız ve ona bağlı kalınız. Zaferi kazanırsak istikbal bizimdir.”
Bu sözler orduyu coşturdu. Büyük şevkle ileri atıldılar. Alparslan son derece kurnazca bir harp taktiği planlamıştı. 
Hilal şeklinde yaydığı ordusuyla Malazgirt meydanında dövüştü.
Şaşkına dönen Bizans ordusu, hilalin içine düştü. 200.000 kişilik koca ordu perişan oldu. İmparator esir edildi.
 Sultan Alparslan savaştan sonra huzuruna getirilen imparatoru, hiç ümid etmediği şekilde affetti.
Bizans imparatorunun harp tazminatı ödemesi, her yıl haraç ve ihtiyac halinde Selçuklu ordusuna asker göndermesi karşılığında barış andlaşması yapıldı. 
Fakat Diyojenes, İstanbul’a geri dönerken, Bizas tahtının el değiştirmesi, andlaşmayı geçersiz kıldı.
Sultan Alparslan , Malazgirt zaferinden sonra 1072 senesinde çok sayıda atlı ile Maveraünnehr’e doğru sefere çıktı. 
Türkleri bir bayrak altında toplamak istiyordu.
Ordunun başında Buhara’ya yaklaştı. Amuderya nehri üzerinde bulunan Hana kalesini muhasara etti. 
Kale komutanı, batıni sapık fırkasına mensup Yusuf el-Harezmi, kalenin fazla dayanamayacağını anladı ve teslim olacağını bildirdi.
Hain Yusuf, Alparslan ’ın huzuruna çıkarıldığı sırada Sultan’a hücum edip, hançer ile yaraladı.
Yusuf’u derhal öldürdüler.
Fakat Sultan Alparslan da aldığı yaralardan kurtulamadı. 
Dördüncü günü, 25 Ekim 1072 tarihinde; “Her ne zaman düşman üzerine azmetsem, Allahü tealaya sığınır, O’ndan yardım isterdim. Dün bir tepe üzerine çıktığımda, askerimin çokluğundan, ordumun büyüklüğünden bana, ayağımın altındaki dağ sallanıyor gibi geldi.
“Ben, dünyanın hükümdarıyım. Bana kim galip gelebilir?” diye bir düşünce kalbime geldi.
İşte bunun neticesi olarak, cenab-ı Hak, aciz bir kulu ile beni cezalandırdı.
Kalbimden geçen bu düşünceden ve daha önce işlemiş olduğum hata ve kusurlarımdan dolayı Allahü tealadan af diliyor, tövbe ediyorum. La ilahe illallah Muhammedün resulullah!...” diyerek şehid oldu.  

Tahran yakınlarındaki Rey şehrine defnedildi.
Yerine oğlu Melikşah geçti.